Με την πάροδο των αιώνων, οι ατμοσφαιρικοί παράγοντες, η δράση των ανθρώπων, η κόπωση και η γήρανση των υλικών, δημιούργησαν επιβαρυντικές συνθήκες στην εικόνα, στη γεωμετρία, στον αγιογραφικό διάκοσμο, αλλά και στη φέρουσα ικανότητα της κατασκευής, με αποτέλεσμα μια σειρά προβλημάτων που αλληλεπιδρούσαν μεταξύ τους, δημιουργώντας περίπλοκες καταστάσεις και βλάβες.
Η αποκατάσταση του ναού κρίθηκε απαραίτητη, λόγω των συσσωρευμένων προβλημάτων στατικής επάρκειας του φέροντος οργανισμού καθ’ όλη τη διάρκεια ζωής του. Μετά από ενδελεχή έλεγχο και διάγνωση των προβλημάτων, προτάθηκαν, σε μελέτη από τον Αρχιτέκτονα Μηχανικό – Αναστηλωτή, Κουτσογιάννη Δημητρίου, οι κατάλληλοι τρόποι αντιμετώπισης αυτών, ώστε να αφαιρεθούν οι παράγοντες πρόκλησης.
Οι μελέτες εγκρίθηκαν από τους αρμόδιους φορείς και υπηρεσίες του Υπ. Πολιτισμού και με συντονισμένες ενέργειες από κοινού του Δήμου και της πρώην 25ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων, το έργο εντάχθηκε προς χρηματοδότηση στο ΕΣΠΑ.
Ο ιερός ναός του Αγίου Αθανασίου έχει χαρακτηρισθεί με ΦΕΚ, από το Υπουργείο Πολιτισμού, ως βυζαντινό μνημείο.